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Biologie Computationnelle

Le projet de recherche de notre équipe est la mise au point d’algorithmes et d’outils d’analyse d’images et de grandes données pour la recherche fondamentale et appliquée en biologie.

Avec la complexification et l’accroissement de la quantité de données que connaît la recherche en biologie, nous nous intéressons au développement de méthodes spécifiques à l’analyse de certains types de données (image à bas et haut débit, séquençage à haut débit, PCR quantitative) mais également à la perspective de développer des méta-analyses pour croiser ces données de type hétérogène.

Actuellement, nous nous intéressons particulièrement à l’analyse des images issues de cribles à haut contenu et l’analyse de données de nouvelles applications du séquençage de nouvelle génération. L’automatisation de la création et de l’acquisition d’un nombre élevé d’expériences de microscopie parallèles génère une quantité importante d’images (˜200.000) contenant chacune un grand nombre d’objets cellulaire et sub cellulaires (˜100 millions). Nous développons des méthodes pour extraire les objets de ces images et les représenter par un nombre élevé de descripteurs (˜500). Ces valeurs forment des matrices riches en contenu que nous utilisons pour explorer l’impact subtil d’un grand nombre de conditions sur un système biologique donné.

Nous travaillons également à l’élaboration de méthodes pour quantifier de larges données incluant notamment la troisième dimension spatiale et le temps



Auguste GENOVESIO

Auguste GENOVESIO